水處理設備的消毒大體上可分為物理消毒和化學消毒兩種。紫外線消毒可能只會對局部有作用，除菌過濾器可能只發(fā)回暫時的作用。在水處理設備中，不論是巴氏消毒、過熱水滅菌或純蒸汽滅菌，都被認為是較為常規(guī)的物理消毒。臭氧、過氧化氫、次氯酸等均是常用的化學消毒劑。

巴氏消毒法。在水處理設備中，巴氏消毒主要功能是：a,用于水處理設備的活性炭等預處理單元。b,RO/EDI單元以及儲存與分配管網(wǎng)單元的周期性消毒。巴氏消毒法也稱低溫消毒法，它的一種能殺死各種病原菌的熱處理方法，其對象主要是病原微生物及其他生長態(tài)菌。

水處理設備常用的物理消毒方式可以達到的效果??巴氏消毒的工作原理是，利用病原體不是很耐熱的特點，用適當?shù)臏囟群捅貢r間處理，將其全部殺滅。但是經(jīng)過巴氏消毒后，仍保存小部分較耐熱的細菌或細菌芽孢。因此巴氏消毒不是無菌處理過程。

紫外線消毒法。在水處理設備中，紫外線消毒裝置主要安裝于水處理設備的RO/EDI循環(huán)管路及儲存與分配管網(wǎng)循環(huán)管路，以防止系統(tǒng)中微生物指標的過快增長。足夠劑量下，紫外輻射是一種有效的消毒方式。紫外線消毒的原理較為復雜，一般認為它與對生物體內(nèi)代謝、遺傳、變異等現(xiàn)象起著決定性作用的核酸相關。